La fondation du prieuré Saint-Sauveur est attribuée au roi Robert le Pieux (970-1031) mais l'église et sa crypte ont été édifiées dès la seconde moitié du Xème siècle. Louis VII donne le prieuré à l'abbaye Saint-Séverin de Château-Landon en 1170. Commence alors une période de prospérité et le début de la reconstruction des parties hautes de l'édifice : les arcs brisés de la nef, la base des colonnettes du cloître sont de cette époque. L'aide financière de l'abbaye Saint-Séverin permet une reconstruction du cloître ainsi que des remaniements et ornementations dans la nef durant la première moitié du XVIème siècle. L'historien E. Grésy évoque en 1840 des fresques portant les attributs de Diane de Poitiers et de Catherine de Médicis sur les voûtes de la nef. En 1690, le prieuré qui n'accueille plus que huit religieux, est rattaché au Chapitre de la collégiale Notre Dame. Les lieux sont désaffectés, une partie de l'église devient un grenier à sel qui sera vendu comme Bien National à la Révolution. Ses deux travées nord sont transformées en chapelle destinée aux utilisateurs des coches d'eau, et sera détruite lors de l'alignement de la rue en 1868. Le prieuré est transformé par divers propriétaires en ateliers, commerces, habitations particulières au XIXème siècle. Les vestiges de l'église sont dégagés en 1974 par la Ville de Melun qui achète l'îlot et réhabilite l'ensemble.